1. O conector "mas" tem o sentido de oposição; o conector "embora", o sentido de concessão.
2. O argumento a favor de Antônio prevalece na frase B, "Antônio é um bom funcionário, embora costume chegar atrasado.".
>> O fato de Antônio chegar atrasado contradiz o que se espera um bom funcionário, mas não impede que ele seja considerado um bom funcionário ainda assim. É como se esse defeito dele não fosse suficiente para considerá-lo um mau funcionário.
3. O verbo "costuma" está no presente do indicativo. O verbo "costume" está no presente do subjuntivo.
